Pembentukan Lembaga Pengembangan Pendidikan dan Penjaminan Mutu (LPPPM) Universitas Borneo Tarakan diawali dengan terbentuknya Lembaga Penjaminan Mutu Internal (LPMI) pada tahun 2009. Dr.Ir. Adi Sutrisno, MP ditunjuk sebagai ketua LPMI pada saat itu. Pada awal pendirian LPMI ini, beberapa upaya meningkatkan mutu telah dilakukan dengan memperkuat kelembagaan dan mempersiapkan sumber daya manusia yang mampu melaksanakan SPMI.
Setelah Universitas Borneo Tarakan berubah status menjadi perguruan tinggi negeri dan adanya Peraturan Menteri Pendidikan Nasional nomor 15 tahun 2011 tentang Organisasi dan Tata Kerja (OTK) Universitas Borneo Tarakan maka LPMI berubah nama menjadi LPPPM yang pertama masih dipercayakan kepada Dr.Ir. Adi Sutrisno, MP dengan Sekretaris Lembaga adalah Bapak Aries Aryadi, S.Hut., M.HP.
Pada tahun 2013, pembenahan organisasi LPPPM dilakukan dengan perubahan jabatan Sekretaris, pembentukan pusat dan penunjukan kepala pusat. Ditugaskan sebagai Sekretaris LPPPM adalah Dr. Iffi Fitriah. Tiga pusat yang terbentuk pada saat itu yaitu Pusat Pengembangan Kurikulum dan Pembelajaran, Pusat Pengembangan Dokumen Mutu dan Pusat Pengendalian Akreditasi dan Penilaian Kinerja. Dr. Linda Sartika, S.T., M.T., Fitriani Said, S.T., M.T dan Dr. Witri Yuliawati, S.E., M.Si. adalah Kepala Pusat yang ditunjuk pada awal berdirinya LPPPM.
Pada tahun 2013 penyusunan dokumen-dokumen sistem penjaminan mutu, standar mutu, serta beberapa standar operasional baku mulai dilakukan. Sesuai dengan dokumen kebijakan mutu UBT, implementasi penjaminan mutu internal UBT dirancang, dilaksanakan, dievaluasi dan ditingkatkan mutunya secara terus menerus didasarkan pada model PDCA (Plan, Do, Check, Action). Siklus pertama model ini mulai dilakukan pada tahun 2013, ditandai dengan adanya audit mutu internal yang pertama. Pada tahun 2014, penjaminan mutu UBT memasuki babak baru dengan diperolehnya peringkat akreditasi institusi B. Pencapaian tersebut tidak lepas dari peran Wakil Rektor Bidang Akademik dan Kemahasiswaan periode 2013-2017, Dr. Setyo Pertiwi.
Dalam perjalanannya menjalankan fungsi mengawal pengembangan pendidikan dan penjaminan mutu dalam rangka perwujudan visi dan misi Universitas Borneo Tarakan, pembenahan-pembenahan dalam struktur organisasi LPPPM terus dilakukan. Pergantian personal kepala pusat terjadi beberapa kali di LPPPM karena melanjutkan studi. Pada periode 2017-2021, Dr. Iffi Fitriah diangkat sebagai ketua LPPPM menggantikan Dr. Ir. Adi Sutrisno, MP. Sementara Sekretaris LPPPM dipercayakan kepada Aditia Syaprillah, SH., MH pada periode 2017-2019 dan Dr. Elly Jumiati pada periode 2019-2021.
Pusat yang berada di bawah LPPPM juga telah bertambah menjadi 6 pusat yaitu Pusat Pengembangan Kurikulum dan Pembelajaran, Pusat Pengawasan Internal Mutu Akademik, Pusat Pengembangan Dokumen Mutu, Pusat Pengendalian Akreditasi dan Penilaian Kinerja dan Pusat Pengelolaan dan Pengembangan Mata Kuliah Wajib Universitas. Kemudian dengan memperhatikan aspek kemampuan kewirausahaan mahasiswa/lulusan sebagaimana misi UBT, pada tahun 2019, LPPPM menambahkan Pusat Pengembangan Karir dan Kewirausahaan pada struktur organisasinya. Pada periode 2017-2021 ini terdapat beberapa perubahan pada dokumen mutu SPMI seiring dengan adanya perubahan pada peraturan yang berlaku.
LPPPM sebagai pengawal sistem penjaminan mutu internal di UBT terbukti berjalan dengan baik dengan naiknya jumlah program studi yang memiliki peringkat akreditasi B. Pada tahun 2014, hanya 4 program studi yang memiliki akreditasi B menjadi 17 program studi pada tahun 2017 dan 20 program studi pada tahun 2019. Peringkat akreditasi institusi dapat dipertahankan pada peringkat B pada tahun 2018 dengan mendapatkan kenaikan nilai dari 313 menjadi 336. Seluruh prestasi tersebut adalah prestasi bersama yang dicapai dengan adanya kerjasama antara LPPPM dengan fakultas dan program studi beserta dukungan penuh dari jajaran pimpinan Universitas.
Beberapa prestasi lain yang diperoleh LPPPM adalah terpilihnya Dr. Iffi Fitriah dan Dr. Elly Jumiati sebagai fasilitator SPMI tingkat nasional pada tahun 2019. Selain itu, LPPPM UBT telah melakukan kerjasama dengan IPB, ITS, ITB, Universitas Negeri Malang, dan Universitas Udayana dalam rangka peningkatan mutu UBT. LPPPM juga telah mengembangkan SIPENJAMU sebagai sistem informasi penjaminan mutu pada tahun 2017. Sistem ini masih dalam pengembangan, disesuaikan dengan kebutuhan organisasi dan peraturan yang berlaku.
Selain prestasi di dalam negeri, LPPPM juga telah mengikuti kegiatan di luar negeri. Pada tahun 2017-2018, Dr. Iffi Fitriah telah mengikuti kegiatan Training on Internal Quality Assurance-ASEAN QA yang diselenggarakan oleh German Academic Exchange Service (DAAD), German Rectors Conference (HRK), dan University of Potsdam, Germany bersama dengan partner dari ASEAN dan Eropa-ASEAN Quality Assurance in Higher Education (ENQA), and ther Regional Centre for Higher Education and Development (SEAMEO RIHED). Pada tahun 2019-2020, LPPPM UBT beserta dengan KPM Universitas Ma Chung telah mendapat kepercayaan untuk melakukan National Multiplication Training di Indonesia oleh DIES Jerman dan University of Potsdam.
Untuk melaksanakan tugas dan fungsi yang dibebankan pada periode 2021-2024, Dr. Iffi Fitriah, kembali diangkat sebagai ketua LPPPM dan Sekretaris LPPPM dipercayakan kepada Dr. Jero Budi Darmayasa. Berbagai upaya akan selalu dilakukan oleh LPPPM terutama dengan adanya perubahan paradigma pembelajaran yang sangat pesat. Pada empat tahun ke depan, fokus LPPPM adalah pada pengembangan pembelajaran digital, program Merdeka Belajar dan perubahan akreditasi dari BAN-PT pada Lembaga Akreditasi Mandiri serta penguatan sistem penjamianan mutu internal dan optimalisasi sistem informasi. Program-program yang dilakukan LPPPM tentu saja memerlukan kerjasama dan komitmen yang kuat dari seluruh pemangku kepentingan terutama pimpinan Universitas dan Fakultas.
Sumber B-Change Edisi 1